Ingénieur expert - coordination du pôle « Production et reséquençage » H/F

À propos de nous Premier pôle européen de recherche, de soins et d'enseignement sur les maladies génétiques créé en 2007 au cœur du campus de l'Hôpital Necker-Enfants malades. Sa mission ? Mieux comprendre les maladies génétiques pour mieux les guérir. L'Institut Imagine est un endroit unique au monde qui rassemble chercheurs, patients, médecins et personnels de santé dans une architecture créatrice de synergies au service d'une même ambition : changer la vie des familles touchées par les maladies génétiques. Mission La plateforme de bioinformatique de l'Institut Imagine / SFR Necker assure l'analyse, l'interprétation et la gestion des données issues des technologies de séquençage à haut débit pour les équipes de recherche et les projets translationnels du Campus Necker. Au sein du pôle Production et reséquençage, il contribue à la coordination des activités en lien avec les plateformes de séquençage, les équipes de recherche, les cliniciens & ingénieurs. Participe au bon fonctionnement des activités de production, à la valorisation scientifique des données générées et à l'évolution des méthodes d'analyse. Dans un contexte d'augmentation continue du volume de données produites (génomes, exomes, transcriptomes, données long-read et single-cell) et de diversification des projets collaboratifs, ce poste contribue à assurer la continuité des activités de production, le maintien de la qualité des analyses et l'accompagnement des utilisateurs de la plateforme. Missions principales · Coordonner les activités scientifiques, techniques et organisationnelles du pôle Production et reséquençage

• Organiser les activités d'analyse des données de séquençage à haut débit
• Animer une équipe de trois ingénieurs et contribuer à la répartition des activités
• Veiller à la qualité, à la reproductibilité et à la traçabilité des analyses réalisées
• Assurer le suivi des projets de séquençage en lien avec les équipes de recherche et les plateformes technologiques
• Participer au développement & à l'évolution des méthodes, outils et infrastructures dédiés à l'analyse des données génomiques

Activités · Organiser et coordonner les activités d'analyse des données de séquençage de la plateforme

• Contribuer au suivi de la production & veiller à la qualité des résultats délivrés aux équipes de recherche et aux projets translationnels
• Développer et faire évoluer les pipelines et outils d'analyse de données génomiques
• Assurer le suivi des données & des projets de séquençage
• Apporter une expertise méthodologique aux chercheurs pour l'analyse et l'interprétation des données
• Coordonner les activités d'une équipe de 3 ingénieurs
• Participer à la formation des utilisateurs et diffusion des bonnes pratiques
• Contribuer aux projets scientifiques collaboratifs & à l'évolution technologique de la plateforme
• Participer aux réunions, formations, congrès et groupes de travail
• Assurer une veille scientifique et technologique

Profil Connaissances • Génomique, génétique humaine et biologie moléculaire

• Technologies de séquençage à haut débit (Illumina, PacBio, Oxford Nanopore)
• Analyse de données NGS : panels, exomes, génomes, transcriptomique, single-cell et long-read
• Gestion et structuration des données biologiques à grande échelle
• Environnements de calcul haute performance (HPC)
• Bonnes pratiques de développement logiciel et de reproductibilité des analyses
• Langages de script (Bash) et bases de données relationnelles
• Outils classiques de bioinformatique appliqués au séquençage
• Anglais scientifique et technique

Compétences opérationnelles • Maîtrise des technologies de séquençage à haut débit (NGS) et de leurs applications

• Maîtrise des méthodes d'analyse de données de panels, exomes, génomes, transcriptomique (RNA-seq), single-cell et long-read
• Connaissance des principaux outils d'analyse génomique et transcriptomique
• Bonne compréhension de la génétique humaine, de la génomique et de la biologie moléculaire
• Maîtrise des formats de données biologiques (FASTQ, BAM/CRAM, VCF, GTF...) et des standards de qualité associés

Informatique et gestion des données • Maîtrise des environnements Linux/Unix

• Connaissance des langages de scripting (Bash, Python, Perl ou équivalent)
• Connaissance des systèmes de gestion de bases de données relationnelles (MySQL, PostgreSQL ou équivalent)
• Utilisation des outils de gestion de versions (Git) et des bonnes pratiques de développement logiciel
• Connaissance des infrastructures de calcul haute performance (HPC) et des ordonnanceurs de tâches
• Connaissance des principes de gestion, sécurisation & de traçabilité des données scientifiques

Soft-skills • Sens de l'organisation

• Rigueur scientifique et méthodologique
• Esprit d'analyse et capacité de synthèse
• Aptitude à la coordination et au travail en équipe
• Autonomie, capacité d'initiative
• Qualités relationnelles & pédagogiques
• Réactivité face aux demandes prioritaires
• Capacité à évoluer dans un environnement multidisciplinaire

Niveau de diplôme souhaité Diplôme d'ingénieur ou Master en bioinformatique, génomique, biologie computationnelle ou discipline équivalente Conditions particulières d'exercice • Participation au suivi de projets nécessitant le respect de délais contraints, notamment dans le cadre de projets prioritaires ou à visée translationnelle Contrat • Contrat à durée déterminée (CDD) de l'Université Paris Cité • Le contrat peut évoluer vers un CDI, sous réserve des dispositions réglementaires en vigueur et des possibilités offertes par l'établissement